באמצעות המכ"ם מבצעת המערכת גילוי מהיר, זיהוי וסיווג של האיומים. מידע זה מועבר למרכז השליטה והבקרה, שם מתבצע תהליך הבחנה בין איומים העומדים לפגוע באזור המוגן לבין אלו שלא. איומים אלה מיורטים על ידי הטיל המיירט של המערכת (טמי"ר), המבצע טיסת מסלול מדויקת לעבר המטרה ומשמיד אותה.
ע"י יכולת ההבחנה והסיווג בין איומים המסכנים את האזור המוגן ולבין אלה שלא, מפחיתה המערכת עלויות רבות ומונעת שיגור טילים מיותרים. המערכת יכולה לפעול כנגד איומים מרובים בו-זמנית וביעילות, בכל תנאי מזג אוויר, 24 שעות ביממה.
המבנה המודולרי של כיפת ברזל מאפשר שילוב עם מגוון מערכות הגנה אחרות ועם רכיבים שונים כגון מכ"מים, משגרים ועוד.