רפאל מתמחה במתן פתרונות הגנתיים לצורך בקרת גבולות והגנה על מתקנים ותשתיות אסטרטגיות. רפאל נבחרה ע"י ממשלת ישראל להקים ולהפעיל את חמ"ל הסייבר הלאומי (CERT), וכן מספקת הגנת סייבר ותשתיות עבור רכבת-ישראל ומאגר האשראי הלאומי של בנק ישראל. מערכות המודיעין והסייבר המתקדמות של רפאל מבטיחות את רמת הבטיחות והביטחון הגבוהה ביותר.